Komunistët e arrestuan, e burgosën, por nuk mund ta kthenin kurrë në bashkëpunëtor të tyre. Profesori vlonjat i demaskoi hapur në Sheshin e Flamurit dhe që atëherë ai u bë një armik edhe më i rrezikshëm secc ishte për komunistët të cilët në nëntor të vitit 1949, vendosën ta dënonin me pushkatim si pjesë të një grupi kundër shtetit të formuar në burg. Bego Gjonzeneli, edhe i burgosur, ishte një sfidë për ta, si një valle labe në shesh të burrave
Lindur në Tragjas të Vlorës në periudhën e Pavarësisë, Bego Gjonzeneli u diplomua në Romë për Histori e Filozofi. Gjatë viteve të luftës, ishte një nga antifashistët e angazhuar me Ballin Kombëtar ku kishte dhe funksionin e ndërlidhësit të rinisë për rrethin e Vlorës. Për këtë arsye kur komunistët morën pushtetin, e arrestuan menjëherë si “armik të popullit”.
Në kujtimet e tij, nxënësi i Bego Gjonzenelit, Petrit Velaj që u arrestua dhe u gjykua në të njëjtën periudhë me të, 1945-1946, kujton shpërthimin zemërgjerë të profesorit, kur pasi kishte marrë dënimin e tij me 5 vjet heqje lirie, mëson dënimin për nxënësin: "Pse mua më dënojnë me pesë vjet, ndërsa nxënësin tim e dënojnë me vdekje?!". Por Petrit Velajt i falet jeta dhe pavarësisht dënimit të gjatë, arrin të dalë gjallë nga burgu e të lërë pas kujtimet e tij, ndërsa profesor Begoja, ca vite më vonë, ekzekutohet. Dënimi i ulët ishte thjesht një tentativë e komunistëve për ta kthyer në bashkëpunëtor, një ofertë që ai nuk e pranoi dhe si pasojë u ekzekutua.
Petrit Velaj e vazhdon rrëfimin e tij për atë ditë kur kthehej në qeli pas marrjes së dënimit. “Aty pranë ishte edhe Kudret Kokoshi, i cili edhe ai ishte dënuar me vdekje. Afrohet te profesor Begua dhe i thotë: "Bego, komunistët me ty do të bëjnë lojë. Ata do të të lirojnë që të jesh në shërbim të tyre..." Dhe kështu ndodhi. Pas ca kohësh Begon e liruan. Kur doli nga dera e burgut e shoqëruan Rrapo Dervishi e Vasil Kati. Ata shkuan së bashku nëpër bulevard drejt Sheshit të Flamurit. Profesori i mençur e kuptoi këtë manovër të tyre dhe kur mbërriti tek Sheshi i Flamurit, tek lulishtja e Ismail Qemalit, u kthye nga ata dhe filloi të debatonte tërë zjarr. Njerëzit u grumbulluan dhe po dëgjonin. Demaskimi që u bëri Bego Gjonzeneli komunistëve atë ditë, ishte një shuplakë e rëndë për Rrapo Dervishin dhe Vasil Katin, sepse gjithë qyteti nisi të fliste për fjalët shpotitëse kundër regjimit dhe persekutorëve të rinj të vendit. Rrapo Dervishi e Vasil Kati çanë mes turmës së njerëzve që ishte grumbulluar ndërsa Begua u la i lirë dhe mori rrugën e shtëpisë. Pa arritur te dera e shtëpisë, policët e thirrën të ndalonte dhe kështu e arrestuan sërish. "E dija që do më arrestonit, se më kish thënë Kudret Kokoshi që në burg, por s'ma mori mendja pa u çmallur me njerëzit e mi..." Erdhi përsëri në burg profesori.”
Ndërkohë Sigurimi i Shtetit, vazhdonte të shtonte faqe në dosjen e profesorit. Sipas tyre, Bego Gjonzeneli ishte në krye të një grupimi të krijuar në burgun e Vlorës, në fund të vitit 1947 dhe në fillim të vitit 1948, për rrëzimin e regjimit komunist me anë të ndihmës që do u kërkonin anglezëve dhe amerikanëve përmes të arratisurve. Organizata, sipas tyre, quhej “Rilindja kombëtare”. Në të u përfshinë shumë njerëz. Disa prej tyre u ridënuan, u transferuan në burgje, disa edhe u liruan, por pa u shkëputur kurrë nga vëmendja e Sigurimit, i cili në nëntor të vitit 1949 organizoi goditjen ndaj tyre. U arrestuan 81 veta. Prej tyre, disa u dënuan me pushkatim. Bego Gjonzeneli e dëgjoi vendimin për ekzekutim në një kohë me Dervish Hodon, Petref Agajn, Maliq Koshenën, Hamdi Gjonin dhe Pirro Xhezon më 25 nëntor 1949. Siç kishte parashikuar juristi i njohur vlonjat, ai dënimi me 5 vjet heqje lirie, në 1946-ën, kishte qenë thjesht një tentativë për ta rekrutuar Bego Gjonzenelin, por edhe pse dikush edhe e pranoi propozimin shtrëngues, profesor irefuzoi të kthehej në vegël të regjimit. I akuzuar për “pjesëmarrje në grup kundër shtetit” u dënua me pushkatim dhe u ekzekutua.
Pas disa vitesh, dënuan edhe të birin, Bardhoshin, që ishte 9 vjeç kur i pushkatuan babanë. Ai u dënua 3 herë dhe kaloi 27 vite në burgjet e komunizmit, vite që nuk dihej nëse do ndalnin sikur regjimi komunist të mos shembej. Si i ati, as ai nuk u dorëzua kurrë. Në mendjen e Petrit Velajt ka mbetur vallja e profesor Begos në oborrin e burgut të Vlorës. “ ... Kur ndizej kënga në oborrin e burgut Bego Gjonzeneli ngrihej e kërcente aq bukur vallen labçe sa më kanë mbetur në mendje lëvizjet e tij tërë dinamizëm dhe elokuencë. Abdul Kuçi i mbështetur tek shkallet e burgut na thoshte: "Ja, more djem, kjo është vallja labe. Begua e kërcen si të moçmit, qe e hedhnin vallen për oda"…” Ishte vallja e lirisë së shpirtit dhe e sfidës ndaj regjimit. Një valle që nuk pati mundësi t’ia mësonte të birit, sepse u arrestua kur ai ishte vetëm 5 vjeç, por që, si një tipar të brendshëm, ia pat trashëguar shpirtit të tij.