U burgos në vitin 1957. U dënua me vdekje, por dënimi iu ul në 25 vjet burg për shkak se ëma i shkruajti një letër Mehmet Shehut dhe argumentoi për jetët e dy djemve që ia kishte marrë LIIB dhe regjimi i mëvonshëm, Osman Çoku, dëshmor tek varrezat e dëshmorëve (mbrapa përmendores së Nënës Shqipëri e ka varrin) dhe Mustafa Çoku që u vra nga forcat e shërbimit sekret në 1947.
Kreu gati 17 vite burg. Bashkëshortja me të cilën kishte 3 fëmijë, e divorcoi. Gjatë viteve të burgut, për të u kujdes e motra dhe familjarë të tjerë, të cilët patën pasoja. Fëmijët e së motrës nuk u lejuan të vazhdonin shkollën.
Pas daljes nga burgu, nuk i kishte mbetur asgjë, pasi shtëpinë private të të atit dhe gjithë pasurinë, ia kishin sekuestruar. Jetoi me mbështetjen e të afërmve. U martua për herë të dytëdhe pati një djalë në fund të viteve '80. Seit Çoku vdiq nga infarkti i miokardit, në vitin 1992, në dorën e një mjeku italian në Tiranë.
