E arrestuan një javë para të vëllait, Isuf Rrushit, pasi, sipas familjarëve, e ngatërruan me Isufin i cili kërkohej për tentativë arratisjeje. Isufi u vetëdorëzua që të lirohej i vëllai, por Aliun nuk e liruan. E akuzuan për moskallëzim të shkeljes së kufirit nga ana e Isufit. Kreu pesë vjet e gjysmë burg. Bashkë me të dënuar të tjerë, u detyrua për të ndërtuar vepra të ndryshme, si Sanatoriumi i Tiranës.