I dënuar me akuzën se kishte planifikuar të arratisej, mbështetur në dëshminë e një personi të dehur. Kur e arrestuan, e morën nga shtëpia të sëmurë.
Vëllai i tij i madh, i njohur për qëndrimin antikomunist, ishte arratisur nga Shqipëria në fund të Luftës. Familjes iu ndërpre pensioni që merrte për shkak të veprimtarisë patriotike në fushën e tipografisë të të atit, Gjon Shyti.
Kolë Shyti u dënua me 10 vjet burg dhe pas tij, u dënua me 6 muaj burg edhe i vëllai, Lekë Shyti.
Familjen e internuan në kampin e Tepelenës. Kur u liruan nga internimi, u kishin sekuestruar gjithçka dhe jetuan në varfëri, me punë të rënda.