I arrestuar me grupin e dytë të të akuzuarve për sabotim në kënetën e Maliqit, Mirush Përmeti u dënua me pushkatim në nëntor 1946. Para pushkatimit, ai arriti të nxirrte nga burgu një poezi për bashkëshorten 27-vjeçare, që priste fëmijën e tyre të tretë
Kishin kaluar vetëm pak ditë nga arrestimi i inxhinierit Kujtim Beqiri, më 24 tetor 1946, me të cilin u mbyllën arrestimet e grupit të parë të inxhinierëve dhe teknikëve të Maliqit. Pa nisur procesi i tyre gjyqësor, që u hap në 9 nëtor të 1946-ës, u bënë arrestime të tjera inxhinierësh dhe punonjësish që lidheshin me punimet e tharjes së kënetës së Maliqit dhe që akuzoheshin po ashtu si agjentë të Fultz-it dhe sabotatorë. Mes tyre ishte edhe gjeometri Mirush Përmeti.
Mirushi ishte diplomuar në Padova, pasi kishte kryer shkollën fillore në Austri, ku i ati zhvillonte stazhin e doktoratës në mjekësi dhe të mesmen në Shkollën Teknike të Tiranës. Në Shqipëri nisi punë në Ministrinë e Punëve Botore. U arrestua në vitin 1945, por u lirua për mungesë provash. Më 1 korrik të vitit 1946, i erdhi një urdhër paraqitjeje nga ministri Spiro Koleka, i cili i kujtonte ligjin mbi mobilizimin e teknikëve. Përfundoi në Maliq, ku, pa u mbushur 4 muaj, e arrestuan si sabotator.
Në akt-akuzë thuhej:
“Ka kryer vepra sabotimi në stil të gjerë në Maliq dhe ka bërë punë spiunazhi në favor të agjentëve të huaj…Ka pritur me kënaqësi ndryshimin e situatës në favor të monarko-fashistëve grekë dhe të reaksionit të jashtëm. Nuk grumbullon gurët në vendin e duhur për t’u tërhequr nga dekovili. Nuk klasifikon punëtorët në bazë të aftësisë dhe të rendimentit të tyre. Përdor gurskalitësit për punë të thjeshta dhe punëtorët e thjeshtë për skalitjen e gurëve”.
Ndërsa kryetari i trupit gjykues, Njazi Meka, siç shkruan Pjetër Pepa në librin “Dosja e diktaturës”, do të thërriste: “I frymëzuar që në Shkollën Teknike me ndjenja antikomuniste, ai që nga prilli 1945, takohet me Hari Fulcin e bëhet vegla e tij. Me të shkuar në Maliq fillon veprimtarinë antipopullore e merr pjesë në mbledhjet me Kujtim Beqirin e Abdyl Sharrën”.
Përgjigjja e Mirush Përmetit, kur i vjen radha për të folur, ishte: “Aktakuzën e kam lexuar, por nuk e ndiej veten fajtor. Ju betohem që nuk i kam dhënë asgjë Fulcit. Në Tiranë kam ardhur për të sjellë planin e Omedës dhe betohem për këtë në nderin tim”.
Megjithatë, gjykata vendosi të dënohej me pushkatim. Në lutjen drejtuar Gjykatës së Lartë për faljen e jetës, ai shkruan: “Të jeni të bindur zotërinj gjyqtarë të Gjykatës së Lartë se nuk kam kryer vepër sabotimi në ndërmarrjen e Maliqit. Përkundrazi kam punuar me koshiencë dhe e kam koshiencën e plotë që nuk kam bërë faj”.
Ndërsa djalit të vetëm i kërcënohej jeta, doktori Bedri Përmeti dërgonte lutjen e tij prej babai. “Djali im e ka thënë që është fare i pafajshëm. Të gjithë shpresën e kam varur tek ky djalë. Kam besim të madh se ky apel nuk do të mbetet pa u ndëgjuar”.
Por Gjykata e Lartë e la në fuqi vendimin dhe përmes një shkrese që mban datën 3 dhjetor 1946, Ministri i Mbrojtjes Kombëtare dhe Komandanti Suprem, Gjeneral Kolonel Enver Hoxha miraton dënimin me vdekje të Aleks Vasilit dhe Mirush Përmetit duke urdhëruar t’i bëhej e ditur data e ekzekutimit dhe fjala e tyre e fundit.
Dhe nëse pafajësia ishte refreni i Mirushit për mbrojtjen e jetës, ajo mbeti njëlloj e rëndësishme për të edhe kur mund të mbronte vetëm kujtimin e tij. Pjetër Pepa ka publikuar në librin “Dosja e diktaturës” një poezi që Mirush Përmeti ia shkruajti bashkëshortes para pushkatimit dhe gjeti mënyrën për ta nxjerrë nga burgu.
Kujdes gjithmonë ti do të kesh
Të dy ata fëmijë.
Mbas dore kurrë mos t’i lësh
T’i rrisësh për Shqipëri
Sido që të jetë fati jonë
Ndër mend të kesh gjithnji
Se i pafajshëm qesh gjithmonë
Punova për Shqipëri…
Bashkëshortja e Mirushit, Bedria ishte vetëm 27 vjeçe. Ajo ishte nënë e dy vajzave të mitura dhe shtatzënë me fëmijën e tretë, një djalë, që nuk e njohu të atin. Pas pushkatimit të Mirushit, që sipas Pjetër Pepës u bë më 21 janar të vitit 1947, Bedrien me fëmijët e mitur i nxorën nga shtëpia, duke mos e lënë të merrte me vete as djepin e djalit. Ata banuan në shtëpi të vjetra, ndërsa Bedria u detyrua të punonte në punët më të rënda, duke mbajtur për vite me radhë tulla në shpinë, për ndërmarrjen e ndërtimit “21 dhjetori”. Ajo u nda nga jeta 3-4 vite para ndryshimit të regjimeve, ndërsa i biri, Esmeri, siç ka treguar në një intervistë për ABC News, arriti ta rimarrë, pas shumë përpjekjesh dhe kundërshtimesh nga ana e zaptuesve, vilën në rrugën Pjetër Budi, ku i ati jetoi fare pak me familjen e tij.